如果要用一句话形容这次短期访学,那就是它给了我这个“土博士”一次推开窗、看看外面世界的机会。
实际上,早在2013年夏天,我就已经上过Glover教授的暑期课程。他是生物医学影像研究中心的讲席教授,每年都被邀请来清华参加实验室的年度总结,我的课题也多次受到他的指导。可以说,他对我的研究方向比较熟悉,而我的研究方向也与其实验室的较为一致,这为此次访学之行奠定了良好的基础。同时,这也是我第二次去斯坦福大学放射科的RSL(Radiological Science Laboratory)访学,去年夏天,我便在Glover教授实验室进行了两个月的访学,完成了一个小型的项目。当时我们便约定,有机会还要一起做一些有意思的、激动人心的项目。
没想到这个机会来的这么快!在博士生短期出国访学基金的支持下,我们将一起完成一个PET-fMRI(正电子发射断层成像-功能磁共振成像)项目。当得知Glover教授将这个项目交付给我时,我难以抑制自己的激动之情——这是一个相当“珍贵”的项目(扫描每个被试的花费超过1000美金),这意味着基于之前的合作经历,我已经得到了Glover教授的信任。而且,该领域尚处于起步阶段,由于技术的限制,全球范围内有能力做类似实验的实验室不超过10个,而我们将在这张“白纸”上尽情描画!
飞机由于暴雨延迟了8小时,起飞时,我已经感觉到身体上的疲倦。尽管如此,在这12个小时里,我却不能控制自己不去思考跟项目相关的问题——怎么分析这些数据、有哪些有意思的问题可以问……就好像一个小孩得到了新的玩具,恨不能睡觉时也要细细把玩。
到学校后,为了可以尽快独立进行实验,我参加了实验室的磁共振培训。与清华大同小异,培训反复强调了安全实验的重要性。同时,通过老师细致的讲解,我对RSL的设备有了大致的了解:RSL一共有三台3T的磁共振设备,配有EEG(脑电图)、TMS(经颅磁刺激)、TCS(直流电刺激)等成像和脑刺激设备。其中,有一台3T的PET-MR机器,也就是我此行需要工作的平台。据Glover教授介绍,因为硬件配置高、摄像头时间分辨率好,这台机器成像的质量较高,他常常打趣称,我手里握着全世界最好的数据!
“弯道超车”的实验过程
我同时采集了正常人和抑郁症病人在执行与奖励相关课题时的PET和fMRI数据,希望探索这两种成像模态能否比单一模态提供补充的信息,以帮助我们理解抑郁症的病理机理。在进行两种模态数据的联合分析之前,我需要先分别分析和观察两种数据,对于这两个模态有一个基础的了解。
第一步,是重建所有的数据。经过向实验室的工程师请教,我学会了如何在GE的平台上重建数据、完成对数据的预处理,即衰减校正、散射校正等等。在此之前,我对于PET数据的理解仅限于本科影像学课程上对于成像原理的大体概念,但是拿到数据一看,才发现跟我想象的很有差距:PET数据的时空分辨都较fMRI低,且信噪比极低,在这种情况下,为了取得动态的信息,我们还需要进一步缩小每两帧图像之间的采样间隔,简直是对数据分析雪上加霜。经过试验,我们在信噪比和时间分辨率上做出了权衡,选择了30s的时间分辨率,同时保证一定的信噪比。
第二步,是确定分析方法。我首先用两个星期大体了解了PET重建原理和常用的分析方法。经过和Glover教授的讨论,我们认为现有的PET分析方法,即动力学建模,基于一些并不完全成立的假设,在进行静态分析时尚能得到较精确的结果,但在动态分析中却完全不适用。因此,我们希望借助于分析fMRI数据的经验,来对PET数据进行类似fMRI的分析,即一般线性模型。起初,我们也不确定该方法能否克服PET低时间分辨率的缺点,但在经过一系列尝试后,我们发现,这种简单粗暴的方法,效果竟出奇的好!不过,目前PET分析的主流方法还是动力学建模,于是,我们又对两种模型进行了对比,发现可以很好的拟合得出一致的结果,这就说明我们提出的方法,至少在性能上是接近传统动力学建模的。在分析的过程中,因为对于生理学知识不太熟悉,我们还与领域内的专家多次进行skype视频对话,期望达到真正的医、工结合。在此,我也要感谢他们的指导,让我可以“弯道超车”!
在分别分析了两个单独模态后,终于来到了最后一个问题的门口,也是最重要的问题,即:我们通过同时进行两种模态的成像,到底能够提供哪些额外信息呢?首先,fMRI提供了间接的神经活动信息,而PET提供了神经递质多巴胺的浓度信息,我的第一反应就是测量这两种信息之间的耦合程度。此前曾有研究在正常人群中分别测量fMRI和PET数据,用以研究并发现多巴胺的分泌会影响我们对于奖励的响应。我们自然地想到,这种耦合在病人中是否同样存在?如果不存在,那么这种连接的断裂是否与病人的病程相关呢?说干就干,我马上对正常人和病人之间的耦合程度进行比较:果不其然,病人的耦合几乎消失了,这就说明,抑郁症的病程影响了病人接受多巴胺、激活奖励系统的神经元的效率。且我们发现,这种耦合随病程的加重而进一步减弱,也即,通过研究fMRI-PET这两种成像模态,能够为我们理解精神科疾病,例如抑郁症、焦虑症的神经机理提供多维度的信息。据我所知,这还是第一次有人将PET-fMRI用于抑郁症的研究!在与Glover教授商量后,我们将研究结果整理和投往了MRI领域里最权威的会议——ISMRM(国际磁共振年会),希望这一发现能够给抑郁症研究领域带来新的认识。
“想不明白,再算一算”
在做项目的过程中,我很庆幸得到了Glover教授的大力支持。我们约定每周会议一小时,可私下里,我们讨论的时间远远超过1小时!任何时候,如我遇到问题,只要去敲他的门,他都会放下手中的工作与我讨论、引导我找到答案。正如他的口头禅:“Do some math”——想不明白的问题,算一算,也就明白了!课题刚有进展时,我发现有一些结果受运动伪影影响较大,甚至我们得到的结果有可能完全来自于运动伪影,这让我一度很受打击、心情低落。Glover教授发现后,专门空出了一个下午,和我一起查看数据,确定我们的结果的确受到了影响,但是去除运动伪影后,仍然得到了类似的结果。这就说明,虽然运动与结果相关,但结果里也包含了除运动伪影以外的有用信息。
左:与Glover教授讨论;中:重建数据;右:fMRI-EEG实验
刚到实验室时,遇到需要口头报告的场合,我总免不了紧张,担心自己的口语不好,讲不清楚、没听懂大家的提问。第一次报告时果然如此,我顿时涨红了脸,越着急就越讲不清楚,真想找个地缝钻进去。老师看出了我的窘迫,马上接过话头,用易懂的语句跟我沟通,让我最终得以顺利表达出自己的想法。他看出我是一个容易紧张的人,之后的每次汇报结束,都会夸我的工作做得好,而且讲地越来越清晰。他的鼓励给了我很大的信心,让我相信我会越来越好。通过在组会上报告,实验室的其他同学也逐渐对我的工作有所了解,闲暇时也会一起讨论各自的实验情况,建立起了深厚的“革命友情”。其中,Jingyuan的研究方向与我较为一致,为帮助她完成课题,我成为了她的扫描志愿者、参与到了EEG-fMRI(脑电-功能磁共振)的实验中,这也让我对于联合成像有了一些了解。基于相似的研究兴趣,我们也约定好,今后有机会一定要合作完成一个项目。
Glover教授已过耄耋之年,工作依旧高效。他有自己的独立课题,每天早上7点左右就到达实验室开始一天的工作。这种精神很值得我学习。他总是跟我说,要做快乐的科研、问有趣的问题,而发表文章只是因为想跟同行分享新的发现。跟这样一位智慧的学者相处,会让浮躁的心慢慢地沉下来。
实验室其他同学的科研工作同样出色。通过跟他们的接触,我发现他们普遍效率很高,很好地平衡了科研和生活。实验室每到下午5点就几乎没人了,这是因为他们将工作和家庭生活完全分隔开,在需要陪伴家人的时候总是按时回家,我想这也是他们能够保持高效的原因之一。此外,令我印象深刻的是,他们在开始课题前都会进行大量思考,而我总是一刻不得闲地写代码,对需要解决的问题本身却没有足够的思考——常言道“旁观者清”,通过观察别人,看见了自己身上的问题,这真是我的幸运。
全方位的斯坦福体验
和本校学生享受一样的资源
斯坦福的访问学生和本校的学生享受一样的资源,让我有幸全方位地体验学校的生活。24小时自习室是周末我最喜欢去的地方,沙发小隔间、可连笔记本的巨大屏幕……让我愿意在那里待一天。在自习的间隙,我也愿意去图书馆转一转,读书的时光总是过去的很快。学习累了的时候,我总是去游泳馆里游个来回,再跑跑步,通过放松身心来缓解压力,继续投入科研工作中。
每天骑自行车上学,上学路上想想问题,也锻炼了身体,让我总能保持十足的干劲。斯坦福的橄榄球运动盛行,每周末都有比赛,学生可以免费去看球,自己学校得分后全场欢呼、呐喊,是放松自己和宣泄情绪很好的时刻。年底会有“Big Game”,即斯坦福对战伯克利的橄榄球比赛,作为两支加州很强劲的球队,每逢比赛开始前一周,两个校园里都开始布置、装饰,为自己球队加油。斯坦福往往把胡佛塔用激光染成粉色,对面的喷泉也用燃料染成粉色,校园里更是随处可见“BEAT CAL”的标语。我也有幸拿到了绝佳位置的学生票,为斯坦福摇旗呐喊。最终斯坦福取得了比赛的胜利,听说这也是从2010年开始的第8次连胜。
做饭可以说是我生活上的最大难题。上一次来访学,因为时间较短,我都是抱着“凑合凑合就算了”的心态来做饭,而这次要待上半年,实在是凑合不过。第一顿饭依然是无法下咽,但是经过了“无数次”的失败再失败,做饭逐渐变得容易起来。从第一顿饭的“乌漆嘛黑”到最后基本上色香味俱全,我也在做饭中找到了生活的乐趣。此外,我也参加了不少志愿活动,BBQ上负责签到,双语招聘会的会场布置以及在Soup Kitchen帮忙,都丰富了我的课余生活,也让我认识了不少新朋友。
斯坦福的博士生培养也与国内有些许不同。一次,实验室的一位同学要进行博士生资格考试。清华的博士生资格考试主要还是考核科研能力,比如阅读文献、撰写报告和口头报告的能力。而斯坦福考察的则是学生的基础知识,学生需要准备4个科目的口头考试,考试当天,轮流跟每个方向的老师进行10分钟的问答。资格考试的通过率较低,只有50%,完全印证了美国大学“松进严出”的宗旨。另一个有意思的地方是,国内的直博生通常需要5年毕业,而斯坦福的学制更长,往往是6年、甚至7年,学生在3年级、4年级时甚至还在选课上课,这样的培养模式也让学生更好的锻炼了独立进行科研的能力。
通过这次访学,我不仅得到了Glover教授的精心指导,完成了项目,也与其实验室建立了良好的联系。同时,独自在外的生活让我学会照顾自己,有机会体验缤纷的课余活动,认识了新朋友,是一份值得珍藏的宝贵经历。最后一次组会结束后,我一直保持着的兴奋、焦虑,才慢慢转变为满足和不舍……对自己能够顺利完成课题而感到心满意足,同时不愿意离开这个让我快乐科研的地方。
半年时间,说长不长,说短更不短。很感谢博士生短期出国访学基金对于博士生的大力支持,才能让我们这些“土博士”打开门出去看看外面的世界、建立自信心,安心回国继续自己的科研事业。Gary Glover教授是美国工程院的院士、RSL的建立者。他硕果累累,年过耄耋但仍然工作在一线,每周都有实验,并且持续参与新的课题。每年他休息的天数用双手都可以数的过来,他这种终生奉献给科研、以科研为乐的精神时时刻刻地影响着我,带领我领略科研之美。我走的时候他送了我一本书“The History of Pi”,告诉我一定要好好学数学。跟他一起工作的每时每刻,他都会用数学来影响你,没什么是“Do some math”解决不了的,如果暂时解决不了——再算一算!
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